dnaman軟件是一款可以幫助您過(guò)得研究生物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的應(yīng)用程序，當(dāng)您在分析生物序列的時(shí)候，使用電腦軟件的強(qiáng)大分析技術(shù)以及計(jì)算能力，可以讓您在進(jìn)行復(fù)雜運(yùn)算以及模擬DNA運(yùn)行狀態(tài)的過(guò)程中擁有一個(gè)可以完美打搭載您數(shù)據(jù)計(jì)算的平臺(tái)，本軟件支持的分析類(lèi)型非常豐富，包括蛋白質(zhì)分析、分子研究、引物分析、序列對(duì)比研究等模塊，讓您在研究生物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的時(shí)候更加方便；dnaman8(多功能綜合序列分析)內(nèi)置圖形分析，您可以將自己的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)發(fā)布到軟件上，利用自動(dòng)統(tǒng)計(jì)以及圖表功能獲得詳細(xì)的數(shù)據(jù)走勢(shì)分析，為后期的模擬實(shí)驗(yàn)提供重要的參考數(shù)據(jù)。

軟件功能

　　兩個(gè)引物互補(bǔ)

　　您可以使用DNAMAN檢查兩個(gè)寡核苷酸序列的互補(bǔ)性。 要執(zhí)行此功能，第二個(gè)引物應(yīng)通過(guò)選擇引物|載入DNAMAN存儲(chǔ)器 兩個(gè)Primer互補(bǔ)命令。

　　DNAMAN搜索兩個(gè)引物之間的互補(bǔ)序列。 結(jié)果表明兩個(gè)引物之間的連續(xù)和不連續(xù)的互補(bǔ)序列。

　　PCR引物設(shè)計(jì)

　　您可以使用DNAMAN選擇滿(mǎn)足您擴(kuò)增模板DNA要求的PCR引物。 設(shè)計(jì)了許多參數(shù)來(lái)篩選PCR引物，例如PCR產(chǎn)物大小，引物長(zhǎng)度，Tm，GC組成和鹽濃度的范圍。 其他參數(shù)用于排除“低質(zhì)量”引物。

　　導(dǎo)入和導(dǎo)出記錄

　　從文本文件導(dǎo)入記錄

　　從文本文件導(dǎo)入寡核苷酸序列是將大量oligo記錄添加到數(shù)據(jù)庫(kù)的便捷工具。

　　DNAMAN將記錄的信息列入七個(gè)字段：名稱(chēng)，來(lái)源，備注，長(zhǎng)度，GC含量，熔解溫度和序列。如果數(shù)據(jù)庫(kù)中有大量記錄，則可以使用前四個(gè)字段作為排序鍵，以便在“記錄列表”框中選擇性地顯示記錄。

　　導(dǎo)向不匹配

　　定向錯(cuò)配可以通過(guò)在突變附近的位點(diǎn)引入單次或雙重錯(cuò)配來(lái)創(chuàng)建或去除當(dāng)前DNA序列或其變體上的限制性位點(diǎn)。 使用此功能，您可以創(chuàng)建或破壞限制性位點(diǎn)，以區(qū)分野生型等位基因與常見(jiàn)突變體等位基因。

軟件特色

　　掃描序列的相似性

　　DNAMAN掃描所有的序列記錄在默認(rèn)的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索當(dāng)前序列的同源序列。如果默認(rèn)數(shù)據(jù)庫(kù)包含DNA序列，則默認(rèn)序列必須是DNA序列。如果默認(rèn)數(shù)據(jù)庫(kù)包含蛋白質(zhì)序列，則默認(rèn)序列必須是蛋白質(zhì)序列。DNAMAN將使用快速對(duì)準(zhǔn)方法掃描數(shù)據(jù)庫(kù)的序列相似性。您可以選擇對(duì)結(jié)果的最終輸出使用快速對(duì)齊或最佳對(duì)齊方式。

　　編輯記錄信息

　　有關(guān)特定記錄的信息可以編輯。在序列列表框中，所有記錄按字母順序或記錄順序列出。每個(gè)記錄名字的數(shù)量顯示記錄的記錄號(hào)ID.用DNAMAN自動(dòng)分配。因此，您可以為不同的記錄使用相同的名稱(chēng)。

　　DNA和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)

　　DNAMAN軟件的數(shù)據(jù)庫(kù)功能，允許用戶(hù)組織DNA和蛋白質(zhì)序列的不同科目。

　　數(shù)據(jù)庫(kù)管理

　　選擇數(shù)據(jù)庫(kù)|經(jīng)理命令打開(kāi)數(shù)據(jù)庫(kù)管理器”對(duì)話(huà)框。

　　錯(cuò)配分析

　　錯(cuò)配分析的目的是找到所有可能的退火位點(diǎn)的DNA序列的引物在默認(rèn)。此功能可用于PCR和DNA測(cè)序的引物選擇。權(quán)重矩陣用來(lái)區(qū)分引物位置的重要性。由于引物在3‘末端對(duì)目標(biāo)DNA的匹配比PCR擴(kuò)增的5末端更重要，所以更多的權(quán)重被賦予3‘末端。為了提高PCR引物的特異性，應(yīng)始終檢查引物與靶DNA之間是否存在次級(jí)退火位點(diǎn)。

安裝方法

　　1、首先下載DNAMAN8_Reg_setup.exe軟件，點(diǎn)擊運(yùn)行或者打開(kāi)，出現(xiàn)安裝的界面

　　2、在下方可以選擇安裝地址，這里默認(rèn)是DNAMAN8_Reg_setup.exe，可以單擊瀏覽修改其他路徑

　　3、出現(xiàn)安裝的過(guò)程，安裝結(jié)束以后不會(huì)出現(xiàn)提示，直接在桌面找到軟件的圖標(biāo)就可以啟動(dòng)

　　4、這個(gè)就是軟件的主要程序，可以雙擊DNAMAN 8運(yùn)行軟件

使用方法

　　DNAMAN系統(tǒng)配置設(shè)置

　　選擇信息|設(shè)置命令設(shè)置系統(tǒng)配置分析。

　　有四頁(yè)來(lái)設(shè)置目錄、DNA分析、蛋白質(zhì)分析等的配置參數(shù)。

　　文件夾設(shè)置

　　文件夾設(shè)置在DNAMAN是重要的。如果文件夾沒(méi)有正確設(shè)置，程序可能無(wú)法正常運(yùn)行。有六個(gè)文件夾需要DNAMAN：

　　1。DNAMAN系統(tǒng)文件夾。所有的分析系統(tǒng)文件存儲(chǔ)在該文件夾中。DNAMAN離不開(kāi)這個(gè)目錄。

　　2。數(shù)據(jù)庫(kù)文件夾。這是您可以找到所有數(shù)據(jù)庫(kù)的文件夾。

　　三.多重對(duì)齊文件夾。您可以使用此文件夾存儲(chǔ)多個(gè)對(duì)齊數(shù)據(jù)。

　　4。一致性數(shù)據(jù)文件夾。DNAMAN保持一致性數(shù)據(jù)文件在該文件夾中。

　　5。默認(rèn)文件夾。DNAMAN的開(kāi)始總是在這個(gè)文件夾。

　　DNA分析設(shè)置

　　使用預(yù)設(shè)文件基因DNA序列分析。此頁(yè)中有六個(gè)文件名。

　　1。核苷酸屬性文件。DNAMAN使用這個(gè)文件來(lái)顯示核苷酸的性質(zhì)。

　　2。酶的文件。這是當(dāng)前制約數(shù)據(jù)文件用于限制性分析分析。

　　三.注釋文件。這個(gè)文件保存所有序列的注釋被DNAMAN。強(qiáng)烈建議不要更改此文件。

　　4。甲基化文件。DNAMAN使用也這個(gè)文件限制性分析，當(dāng)大壩和/或DCM甲基化參與。

　　5。搜索列表文件。此文件包含用于序列搜索的一致性序列信息。

　　6。爆破模板文件。DNAMAN使用這個(gè)文件作為模板文件產(chǎn)生爆炸。

　　您可以修改這些文件名。但是，必須確保文件存在，并且包含序列分析的正確信息。

　　蛋白質(zhì)分析設(shè)置

　　DNAMAN采用也為蛋白質(zhì)序列分析的一些預(yù)先設(shè)定的文件。本頁(yè)有五個(gè)參數(shù)。

　　1。遺傳代碼表文件。這個(gè)文件包含所有的遺傳表。DNAMAN使用這個(gè)文件來(lái)翻譯分析發(fā)現(xiàn)不同的基因表。

　　2?，F(xiàn)行遺傳密碼表。這是用于翻譯分析DNAMAN當(dāng)前遺傳表。

　　三.氨基酸屬性文件。DNAMAN使用這個(gè)文件來(lái)顯示氨基酸性質(zhì)。

　　4。氨基酸類(lèi)似文件。這個(gè)文件包含氨基酸相似矩陣。DNAMAN使用這個(gè)矩陣定義兩蛋白序列比對(duì)氨基酸之間的相似性。

　　通過(guò)單擊生成相似矩陣按鈕，可以生成一個(gè)新的氨基酸相似度文件。

　　雜項(xiàng)設(shè)置

　　本頁(yè)包含幾個(gè)重要的設(shè)置分析。

　　1。退出前保存頻道信息。你可以在當(dāng)前會(huì)話(huà)終止DNAMAN保存現(xiàn)有的信道信息。當(dāng)這個(gè)選項(xiàng)打開(kāi)，DNAMAN將保留所有信道信息對(duì)DNAMAN下次會(huì)議。

　　2。mased字體。這是一個(gè)mased文檔的默認(rèn)字體。

　　三.打印顯示頁(yè)碼。如果您想在打印文檔時(shí)顯示頁(yè)碼，請(qǐng)選中此選項(xiàng)。

　　4。顯示文件名路徑。如果您希望在打印文檔時(shí)顯示文件信息，請(qǐng)選中此選項(xiàng)。

　　酶的文件轉(zhuǎn)換

　　你可以轉(zhuǎn)換酶從GCG格式DNAMAN格式文件。這是特別有用當(dāng)你想導(dǎo)入墊底文件的新英格蘭生物實(shí)驗(yàn)室的分析。你可以下載文件從互聯(lián)網(wǎng)墊底用GCG格式和使用這一功能，進(jìn)口分析。

　　數(shù)據(jù)信息和設(shè)置

　　數(shù)據(jù)信息采用DNAMAN，如限制酶數(shù)據(jù)庫(kù)和氨基酸性質(zhì)，可以訪(fǎng)問(wèn)和修改用戶(hù)。當(dāng)你成為DNAMAN專(zhuān)家，你可以利用這個(gè)軟件進(jìn)行一些修改。

　　互補(bǔ)的DNA

　　DNAMAN尋找寡核苷酸和當(dāng)前序列的兩股之間的互補(bǔ)序列。如果連續(xù)的配對(duì)基數(shù)等于或大于10 bp，則在文本窗口中顯示兩個(gè)最長(zhǎng)的互補(bǔ)序列。

使用說(shuō)明

　　甲基化酶

　　有兩個(gè)位點(diǎn)特異性的DNA甲基化酶，大壩和DCM，許多大腸桿菌菌株。參考文獻(xiàn)：麥克利蘭。和羅伊·尼爾森。1988?；?4:291。選擇信息|甲基化命令顯示表的限制性酶切位點(diǎn)以大寫(xiě)字母表示。所涉及的酶用于篩選甲基化信息在限制性分析（見(jiàn)第X.1）

　　遺傳密碼表

　　有七個(gè)遺傳密碼表中使用DNAMAN。選擇信息|遺傳代碼命令顯示通用的遺傳密碼及其變化。不要使用此命令修改遺傳代碼信息。你必須從蛋白質(zhì)|選擇的編碼信息的修改遺傳密碼指令訪(fǎng)問(wèn)。

　　氨基酸性質(zhì)表

　　氨基酸性質(zhì)信息被用來(lái)計(jì)算蛋白質(zhì)pi和電荷，也用于繪制疏水/親水性剖面圖。選擇信息|氨基酸性質(zhì)命令顯示的信息。

　　單序列數(shù)據(jù)庫(kù)檢索

　　您可以在DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索核苷酸序列，也可以在DNA或蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索氨基酸序列。

　　核苷酸序列

　　選擇打開(kāi)一個(gè)對(duì)話(huà)框的核苷酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)搜索命令|。在DNA默認(rèn)數(shù)據(jù)庫(kù)中的所有序列記錄的兩個(gè)鏈上搜索DNA序列。搜索的格式與當(dāng)前序列中的搜索相同