primer premier(引物設(shè)計(jì)軟件)

5.0 官方版

軟件大小：50.7 MB
更新日期：2017-03-28
軟件語(yǔ)言：簡(jiǎn)體中文
軟件類別：其它行業(yè)
軟件授權(quán)：免費(fèi)軟件
軟件官網(wǎng)：未知
適用平臺(tái)：WinXP, Win7, Win8, Win10, WinAll
軟件廠商：

8.5分

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　　primer premier 5是一款綜合性能非常豐富的引物設(shè)計(jì)工具，主要用戶基因分析方面額研究，在DNA中，需要分析不同類型的鏈接限制酶、氨基酸在分解過(guò)程中產(chǎn)生的變化，可以通過(guò)這款軟件完成模擬分析流程，該軟件就是用來(lái)進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的，可以利用鼠標(biāo)簡(jiǎn)單的拖動(dòng)出擴(kuò)展的DNA鏈，并且可以根據(jù)用戶改變的狀態(tài)同步顯示可能會(huì)改變的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等，讓軟件幫助您自動(dòng)完成搜索引物流程，分析完畢以后可以方便的生成數(shù)據(jù)報(bào)告，為您的基因研究提供可以參考的標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)，需要的朋友可以下載試試！

軟件功能

　　引物設(shè)計(jì)用于標(biāo)準(zhǔn)PCR測(cè)定

　　Primer Premier是設(shè)計(jì)和分析PCR引物的最全面的軟件。

　　Primer Premier的搜索算法使用最接近的熱力學(xué)算法找到具有最準(zhǔn)確的熔解溫度的最佳PCR，多重和SNP基因分型引物。根據(jù)次序結(jié)構(gòu)，二聚體，發(fā)夾，同源性和物理性質(zhì)對(duì)引物進(jìn)行篩選，然后按排序順序報(bào)告序列的最佳序列。配有方便的計(jì)算器，您可以輕松地操作序列并分析底漆設(shè)計(jì)的結(jié)果。

　　從NCBI加載感興趣的基因，選擇一個(gè)搜索范圍，坐下來(lái)讓Primer Premier為您挑選最好的引物。

　　SNP基因分型測(cè)定的引物設(shè)計(jì)

　　使用Primer Premier，您可以從dbSNP加載序列，并將引物設(shè)計(jì)為選擇的SNP側(cè)翼。數(shù)百個(gè)未發(fā)表的SNP也可以通過(guò)將其指定為標(biāo)準(zhǔn)GenBank / dbSNP文件中的變體特征來(lái)加載。在指定SNP后，可以設(shè)計(jì)引物以擴(kuò)增它們以使用基于探針的化學(xué)物質(zhì)進(jìn)行檢測(cè)。

　　多重檢測(cè)

　　對(duì)于多重實(shí)驗(yàn)，Primer Premier允許您以批處理

　　模式啟動(dòng)引物搜索，然后檢查所設(shè)計(jì)的引物的交叉反應(yīng)性，從而減少錯(cuò)誤引發(fā)。

　　自動(dòng)同源性和模板結(jié)構(gòu)避免

　　Primer Premier自動(dòng)解釋BLAST搜索結(jié)果，并避免這些區(qū)域設(shè)計(jì)與數(shù)據(jù)庫(kù)具有顯著交叉同源性的引物。這些同源區(qū)域在序列視圖中突出顯示，并且在引物搜索期間避免。

　　由于延伸溫度下存在模板結(jié)構(gòu)，引物延伸可能受到阻礙。為了避免所有這樣的區(qū)域，模板可能在其自身上折疊，程序利用專有算法在您指定的折疊溫度下檢查模板中可能的二級(jí)結(jié)構(gòu)。涉及形成二級(jí)結(jié)構(gòu)的區(qū)域在序列視圖中加下劃線，并且在設(shè)計(jì)引物時(shí)避免。

　　避免同源區(qū)域使寡聚物高度特異性，并避免模板結(jié)構(gòu)提高設(shè)計(jì)引物的效率。

　　手動(dòng)入門(mén)搜索

　　Primer Premier為用戶提供對(duì)底漆設(shè)計(jì)的完全控制。使用手動(dòng)引物搜索選項(xiàng)，用戶可以選擇模板序列上的任何位置來(lái)設(shè)計(jì)感覺(jué)或反義引物。Primer Premier立即計(jì)算并顯示新引物的性質(zhì)。最后由用戶選擇的引物隨后顯示在主窗口的序列視圖中。

　　編輯模板序列

　　模板序列是可編輯的，可以由用戶更改?；梢允褂脴?biāo)準(zhǔn)的剪切/復(fù)制/粘貼功能進(jìn)行修改?？梢允褂?ldquo;刪除”按鈕刪除不需要的序列區(qū)域。用戶可以對(duì)序列進(jìn)行注釋或注釋，并保存以供將來(lái)參考。

軟件特色

　　新改進(jìn)的搜索算法

　　自動(dòng)序列檢索

　　自動(dòng)同源性和模板結(jié)構(gòu)避免

　　評(píng)估預(yù)先設(shè)計(jì)的底漆

　　手動(dòng)入門(mén)搜索

　　編輯模板序列

　　序列視圖

　　生成報(bào)告

　　本地和桌面BLAST選項(xiàng)

　　計(jì)算器

　　數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)庫(kù)管理

安裝方法

　　1、下載解壓文件，找到“PP600Installer.exe”雙擊安裝

　　2、閱讀軟件的使用協(xié)議，點(diǎn)擊第一個(gè)接受繼續(xù)安裝

　　3、選擇軟件的安裝位置，默認(rèn)C:Program Files (x86)Primer Premier 6.0

　　4、正在安裝中，請(qǐng)稍后

　　5、顯示已經(jīng)安裝成功了，點(diǎn)擊done結(jié)束安裝

主要優(yōu)勢(shì)

　　Primer Premier現(xiàn)在提供了一個(gè)新的改進(jìn)的圖形用戶界面，使PCR引物設(shè)計(jì)既直觀又易于使用。

　　引物搜索算法得到很大改進(jìn)，以避免同源性和模板結(jié)構(gòu)，使得Primer Premier設(shè)計(jì)的引物具有高度的特異性和高效性?？梢允褂抿?yàn)證BLAST確定引物特異性。

　　Primer Premier現(xiàn)在可以幫助設(shè)計(jì)10-plex多重測(cè)定。

　　Primer Premier現(xiàn)在可以完全控制底漆設(shè)計(jì)和設(shè)計(jì)參數(shù)。使用手冊(cè)引物搜索選項(xiàng)，您可以單擊模板序列上的任何核苷酸，以在您選擇的位置獲取引物。Primer Premier設(shè)計(jì)了一個(gè)底部，其3'端位于該核苷酸，并即時(shí)分析其屬性，幫助您根據(jù)實(shí)驗(yàn)的需要決定最佳設(shè)計(jì)。引導(dǎo)劑的長(zhǎng)度也可以根據(jù)您的方便而增加/減少。

　　現(xiàn)在可以進(jìn)行序列編輯。序列的不需要的區(qū)域可以被去除或操縱。

　　Primer Premier可以設(shè)置替代擴(kuò)增子之間的最小距離，這樣可以覆蓋序列的不同區(qū)域，并以最佳可能的設(shè)計(jì)為零。

　　現(xiàn)在可以以所選擇的模板序列的任何方向分析預(yù)先設(shè)計(jì)或公布的引物。該程序指定引物是否與正向，反向，互補(bǔ)或反向互補(bǔ)取向中的序列同源。即使使用錯(cuò)配，也可以相對(duì)于模板序列分析預(yù)先設(shè)計(jì)的引物。Primer Premier編輯了所有可能的引物結(jié)合位點(diǎn)的列表。

　　現(xiàn)在可以分析預(yù)先設(shè)計(jì)的引物或公開(kāi)的引物。Primer Premier甚至可以設(shè)計(jì)一個(gè)兼容的引物，給出正向或反向引物。

　　現(xiàn)在可以看到序列視圖，它可以容易地將設(shè)計(jì)的引物相對(duì)于序列可視化。您可以從視圖中復(fù)制粘貼序列，并在程序中進(jìn)行分析。

　　Primer Premier增強(qiáng)了序列導(dǎo)入限制。您可以一次使用5MB的序列，總共可以加載15MB的序列。