UCSF Chimera是一款化學(xué)分析軟件，可以幫助您在電腦上分析分子結(jié)構(gòu)以及分子運動過程，您可以將自己的化學(xué)數(shù)據(jù)添加到軟件分析，利用內(nèi)置的運動分析或者是動畫演示查看分子結(jié)構(gòu)變化，也可以查看序列的變化，從而將復(fù)雜的化學(xué)分析轉(zhuǎn)換到可視化的圖形界面演示，對于交互式分析以及可視化分析都是很適合的；UCSF Chimera是國外的軟件，內(nèi)置英文的說明教程，可以按照軟件的功能提示扎破的對應(yīng)的分子分析工具！

軟件功能

　　1、UCSF Chimera可以分析化學(xué)，可以通過軟件研究分子結(jié)構(gòu)

　　2、提供多種圖形查看，最后的分析圖形可以保存到圖片

　　3、也可以將分子結(jié)構(gòu)圖保存到PDF

　　4、支持密度圖分析，對分子密度計算

　　5、提供專業(yè)的計算器分析結(jié)果

　　6、支持序列對比，在tool工具上就可以找到分析對比的工具

　　7、您可以直接在工具找到分析氫鍵的方法

　　8、提供了一些化學(xué)知識，可以在幫助菜單找到知識搜索界面

　　9、測定任意分子中的原子類型，包括非標(biāo)準(zhǔn)殘留物

　　10、支持添加氫原子的能力

　　11、可以對高質(zhì)量的氫鍵識別

　　12、原子/鍵的選擇，按元素，原子類型，官能團，氨基酸種類

　　13、交互鍵旋轉(zhuǎn)，距離和角度測量

軟件特色

　　1、UCSF Chimera是可以擴展的軟件，可以幫助您將自己的化學(xué)工具擴展

　　2、您可以加載很多工具到UCSF Chimera軟件分析

　　3、支持化學(xué)功能，對多個化學(xué)知識查看

　　4、支持幫助，官方提供了很多教程

　　5、支持結(jié)構(gòu)功能，可以對很多分子結(jié)構(gòu)查看

　　6、支持原子功能，對原子結(jié)果轉(zhuǎn)換到可視化圖像

　　7、UCSF Chimera直接對你的模型轉(zhuǎn)換

　　8、也能替換指定的分子結(jié)構(gòu)模型

　　9、可以對結(jié)構(gòu)分析，可以對結(jié)構(gòu)比較

　　10、分子的結(jié)構(gòu)可以在UCSF Chimera軟件上編輯

　　11、分子結(jié)構(gòu)可以輸出為比較高清的圖像保存

安裝方法

　　1、下載 chimera-1.13.1-win64.exe應(yīng)用程序執(zhí)行安裝，這里是軟件的安裝提示界面

　　2、軟件的安裝協(xié)議內(nèi)容，勾選I accept the agreement點擊next

　　3、提示軟件的安裝地址C:Program FilesChimera 1.13.1rc

　　4、這里是軟件的快捷方式設(shè)置界面，默認(rèn)Chimera 1.13.1rc

　　5、你們可以為軟件設(shè)置桌面圖標(biāo)，勾選Create a desktop icon

　　6、提示軟件的安裝界面，這里點擊install就可以安裝了

　　7、顯示軟件的安裝進(jìn)度，請稍后

　　8、提示安裝成功，點擊finish退出軟件安裝引導(dǎo)

使用方法

　　1、打開UCSF Chimera，這里是軟件的數(shù)據(jù)加載界面，可以在這里添加分析的數(shù)據(jù)，可以將分析結(jié)果保存到圖像

　　2、這里是查看的界面，可以選擇元素、官能團、IDATM類型

　　3、點擊Residue可以在這里查看氨基酸類，選擇amino acid category就可以查看

　　4、這里是Selection Mode(replace)的界面，可以對模型的內(nèi)容替換，可以選擇相交、減去，也可以顯示模式圖標(biāo)

　　5、這里是互動的界面，分析結(jié)構(gòu)的時候可以選擇Interactive 1 (ribbons)， Interactive 2 (all atoms)

　　6、這里可以點擊Command Line進(jìn)入命令行界面?？梢渣c擊Model Panel進(jìn)入模型面板

　　7、點擊Viewing Controls可以查看控制，顯示側(cè)視圖、相機、影響、照明、亮度

　　8、點擊Depiction查看分子結(jié)構(gòu)的描述，顏色的二級結(jié)構(gòu)、核苷酸、呈現(xiàn)的屬性、2 d標(biāo)簽、顏色的行為、帶樣式編輯器、表面覆蓋、每個模型剪切、顏色區(qū)域

　　9、點擊Structure Analsis可以進(jìn)入結(jié)構(gòu)分析界面：角度/扭力、金屬幾何、軸/飛機/重心、熱橢圓體、呈現(xiàn)的屬性、定義屬性、屬性計算器

　　10、Structure comparison是結(jié)構(gòu)比較功能，顯示改變構(gòu)象、RR距離地圖、合奏集群、整體匹配、磚結(jié)構(gòu)

　　11、點擊Surface/Binding Analysis可以顯示：靜電表面著色、庫侖表面著色、表面覆蓋、Surace區(qū)、ViewDock、碼頭準(zhǔn)備、AutoDock維納、測量體積和面積、從網(wǎng)絡(luò)面積/體積、測量和顏色斑點

　　12、點擊Structure Editing，提示旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體、整合扭轉(zhuǎn)、構(gòu)建結(jié)構(gòu)、模型/完善循環(huán)、移動鼠標(biāo)模式、最小化結(jié)構(gòu)、添加離子

　　13、MD/Ensemble AnalysisMD /整體分析：合奏集群、整體匹配、磚結(jié)構(gòu)、分子動力學(xué)模擬

　　14、Higher-Order Structure 高階結(jié)構(gòu)：多尺度模型、單胞、水晶的聯(lián)系人、Smal-Angle x射線概要、二十面體表面、錫板二十面體

　　15、 Volume Data量數(shù)據(jù)：量觀眾、適應(yīng)地圖、表面的顏色、顏色區(qū)域、變形圖、體積示蹤劑、體積過濾、隱藏灰塵、部分地圖、適合段、MultiFit、體積的橡皮擦、測量體積和面積、測量和顏色斑點

　　16、 Demos是運動演示，COX抑制劑演示、受體復(fù)雜的演示、演示編輯器、關(guān)于演示

　　17、Movement是演示功能：旋轉(zhuǎn)、取消移動、重做移動、移動鼠標(biāo)模式、受限的移動、轉(zhuǎn)換坐標(biāo)

　　18、附加的功能：Repl日志、2 d標(biāo)簽、記事本、電影記錄器、顏色鍵、動畫、結(jié)構(gòu)圖、瀏覽器配置、基準(zhǔn)、顏色編輯器、面板編輯器

　　19、額外的工具：Insilichem /七巧板、更多的嵌合體插件、添加第三方插件的位置

　　20、模型面板中、側(cè)視圖、命令行、序列、回復(fù)日志、添加到收藏夾/工具欄

　　21、文件路徑列表樣式、全屏圖片:、盡量避免放置對話框、在主窗口。、文件瀏覽器確認(rèn)覆蓋、使用短打開/保存瀏、器、打開對話框開始在目錄、從上節(jié)課:、調(diào)試OpenGL在啟動時

　　22、這里是軟件的幫助界面，點擊 Search Documentation進(jìn)入相關(guān)資源的搜索界面