GSL Biotech SnapGene是一款分子生物分析軟件，可以幫助用戶在軟件分析生物問題，這款軟件功能豐富，可以在軟件分析DNA序列、蛋白質(zhì)序列、酶特征或引物，支持編輯多個(gè)引物、調(diào)整引物雜交參數(shù)、隱藏或顯示引物、對(duì)引物列表進(jìn)行排序、導(dǎo)入引物，所有的功能都在軟件菜單界面顯示，您只需要點(diǎn)擊菜單的功能就可以建立分析任務(wù)，從而將自己的生物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)加載到軟件就可以立即開始分析實(shí)驗(yàn)，這款軟件是國外開發(fā)所以界面是英文，如果你會(huì)使用就下載吧！

軟件功能

　　1.限制性站點(diǎn)指標(biāo)

　　確認(rèn)限制性網(wǎng)站適合克隆。獨(dú)特性，甲基化敏感性，特殊性質(zhì)以粗體顯示獨(dú)特的限制性位點(diǎn)，或選擇自動(dòng)定義的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶組，不要被愚弄，因?yàn)橄拗菩晕稽c(diǎn)被Dam，Dcm或EcoKI甲基化阻斷。SnapGene將自動(dòng)用星號(hào)標(biāo)記該站點(diǎn)，利用工具提示來避免有問題的限制網(wǎng)站。

　　2.限制性克隆

　　可視化克隆過程的所有方面，如果您已經(jīng)考慮過程，則模擬只需幾秒鐘。如果克隆過程存在設(shè)計(jì)缺陷，則可以捕獲并糾正錯(cuò)誤。

　　3.PCR

　　模擬標(biāo)準(zhǔn)PCR，使用您自己的引物，或要求SnapGene自動(dòng)設(shè)計(jì)引物。產(chǎn)品文件在其歷史記錄中存儲(chǔ)模板和引物。

　　4.重疊延伸PCR

　　通過重疊延伸PCR融合片段，最多可組裝八個(gè)碎片。選擇要連接的片段及其方向，SnapGene將設(shè)計(jì)引物。

　　5.引物定向誘變

　　使用誘變引物進(jìn)行定點(diǎn)誘變，選擇誘變引物，按下按鈕查看修飾的質(zhì)粒。歷史顏色突出了突變。

軟件特色

　　1、DNA可視化

　　查看DNA序列的多個(gè)視圖。

　　2、大序列支持

　　瀏覽染色體大小序列。

　　3、蛋白質(zhì)可視化

　　查看蛋白質(zhì)序列的多個(gè)視圖。

　　4、直觀的序列編輯

　　輕松編輯DNA和蛋白質(zhì)序列。

　　5、序列顏色編碼

　　將選定的DNA或氨基酸序列設(shè)置為十種顏色之一。

　　6、特征注釋

　　自動(dòng)注釋常用功能，或手動(dòng)注釋新功能。

安裝方法

　　1、打開GSL Biotech SnapGene 3.2.1.exe就可以在軟件界面安裝，設(shè)置安裝地址C:Program Files (x86)SnapGene

　　2、提示軟件的安裝協(xié)議內(nèi)容，點(diǎn)擊接受

　　3、顯示軟件附加的內(nèi)容，點(diǎn)擊下一步

　　4、軟件開始菜單快捷方式名字設(shè)置為SnapGene

　　5、軟件安裝進(jìn)度界面，等待軟件安裝結(jié)束吧

　　6、顯示安裝完畢界面，現(xiàn)在SnapGene已經(jīng)安裝到你的電腦

使用說明

　　1、打開SnapGene軟件提示協(xié)議內(nèi)容，點(diǎn)擊agree同意

　　2、提示你需要注冊(cè)軟件，如果你有注冊(cè)碼就可以在這里輸入，如果沒有就可以點(diǎn)擊試用

　　3、提示你可以試用三十天，你需要在下方輸入自己的郵箱地址、名字、電話，點(diǎn)擊OK

　　4、隨后官方自動(dòng)顯示試用注冊(cè)碼，可以點(diǎn)擊下方的激活功能

　　5、進(jìn)入軟件以后選擇一個(gè)項(xiàng)目類型，輸入名字就可以點(diǎn)擊確定

　　6、SnapGene主界面如圖所示，這里就是分析界面，如果你會(huì)使用就可以自己新建分析項(xiàng)目

官方教程

　　創(chuàng)建一個(gè)簡(jiǎn)單的功能

　　如何在DNA序列中指定特征？

　　選擇序列區(qū)域

　　選擇將使用特征標(biāo)記的序列區(qū)域。在此示例中，已在“序列”視圖中選擇了多克隆位點(diǎn)（MCS）。

　　添加功能

　　要添加功能，單擊功能→添加功能......。

　　指定功能名稱，類型和方向性

　?。?）鍵入新功能的名稱。

　　（2）指定要素類型（根據(jù)GenBank約定）和方向性（非定向，正向，反向或雙向）。

　　選擇特征顏色

　　單擊“顏色”按鈕。選擇標(biāo)準(zhǔn)顏色，或單擊“ 更多顏色...”。要將要素顯示為黑色細(xì)線，請(qǐng)單擊“ 無顏色”。

　　輸入說明

　　如果需要，請(qǐng)?jiān)凇? note”字段中輸入說明。此字段上方的按鈕允許格式化文本，并允許插入符號(hào)字符或超鏈接。

　　創(chuàng)建該功能后，將鼠標(biāo)懸停在該功能上將在工具提示中顯示“/ note”字段的內(nèi)容。

　　查看功能

　　單擊“ 確定”以查看新功能。

　　創(chuàng)建翻譯的功能

　　如何創(chuàng)建將在“序列”視圖中翻譯的要素？

　　選擇翻譯的序列區(qū)域

　　選擇將使用已翻譯特征進(jìn)行注釋的序列區(qū)域。

　　添加功能

　　要添加功能，單擊功能→添加功能......。

　　命名功能

　　輸入新功能的名稱。

　　打開翻譯

　?。?）要打開翻譯，請(qǐng)單擊復(fù)選框，或選擇“CDS”（編碼序列）作為要素類型。

　?。?）指定平移的方向性為向前（頂部）或反向（底部）。

　?。?）單擊“選項(xiàng)”以更改閱讀框或遺傳密碼或翻譯編號(hào)，或確保非ATG起始密碼子被翻譯為蛋氨酸。

　　輸入說明

　　如果需要，請(qǐng)?jiān)凇? product”字段中輸入蛋白質(zhì)的描述。您可能希望在“/ note”字段中提供其他信息。

　　創(chuàng)建要素后，如果將鼠標(biāo)懸停在要素上，則兩個(gè)字段的內(nèi)容將顯示在工具提示中。

　　查看翻譯

　　單擊確定以在序列視圖中查看已翻譯的特征。

　　選擇1或3個(gè)字母的氨基酸代碼

　　如果需要，單擊側(cè)面工具欄中的按鈕可在1-和3個(gè)字母的氨基酸代碼之間切換。

　　調(diào)整翻譯的功能編號(hào)

　　如何更改翻譯特征的氨基酸編號(hào)？

　　打開“編輯功能”對(duì)話框

　　該特征代表Cas9蛋白的C末端片段。編號(hào)從+1開始，目標(biāo)是調(diào)整編號(hào)以匹配全長(zhǎng)Cas9的編號(hào)。

　　要調(diào)整轉(zhuǎn)換起始編號(hào)，請(qǐng)雙擊該功能以打開“ 編輯特征”對(duì)話框。

　　打開“功能轉(zhuǎn)換選項(xiàng)”對(duì)話框

　　單擊“ 功能轉(zhuǎn)換選項(xiàng)...”按鈕。

　　調(diào)整功能翻譯編號(hào)

　　要調(diào)整功能翻譯編號(hào)，請(qǐng)使用“翻譯號(hào)碼開始時(shí)間”控件。

　　對(duì)話框調(diào)整顯示，使每行的最后一個(gè)氨基酸與最右列的數(shù)字相匹配。調(diào)整正確后，單擊“ 確定”。

　　查看更新的功能翻譯編號(hào)

　　在該實(shí)例中，特征翻譯編號(hào)現(xiàn)在從氨基酸574開始。

　　調(diào)整分段特征的翻譯編號(hào)

　　該序列顯示了EGFP特征的三個(gè)片段。要調(diào)整轉(zhuǎn)換編號(hào)，請(qǐng)雙擊該功能以打開“ 編輯特征”對(duì)話框。

　　第二部分由單個(gè)氨基酸Val-1a組成，其不存在于原始GFP中。要關(guān)閉第二個(gè)分段的編號(hào)，請(qǐng)單擊“ 功能轉(zhuǎn)換選項(xiàng)...”按鈕。

　　選擇“跳過此段”以省略段2的編號(hào)。

　　將“Start at”編號(hào)指定為+2以使用Segment 3重新開始編號(hào)。

　　查看更新的翻譯編號(hào)

　　功能轉(zhuǎn)換編號(hào)現(xiàn)在跳過第二個(gè)段，并在第二個(gè)段重新開始編號(hào)為+2。

　　創(chuàng)建功能段

　　如何將要素的一部分指定為細(xì)分？

　　選擇功能段區(qū)域

　　選擇將用特征段標(biāo)記的DNA序列區(qū)域。

　　創(chuàng)建功能段

　　要?jiǎng)?chuàng)建要素段，請(qǐng)單擊“ 特征”→“創(chuàng)建要素段...”。

　　命名細(xì)分

　　如果需要，鍵入段名稱。

　　選擇段顏色

　　如果需要，為該段選擇不同的顏色。

　　查看細(xì)分

　　單擊“ 確定”以查看分段功能。

　　注釋內(nèi)含子

　　如何在翻譯的特征中添加內(nèi)含注釋？

　　查看翻譯的功能

　　在該實(shí)施例中，釀酒酵母微管蛋白基因已被注釋為翻譯特征。內(nèi)含子尚未確定，因此翻譯包含終止密碼子。

　　選擇內(nèi)含子序列

　　根據(jù)Saccharomyces基因組數(shù)據(jù)庫，內(nèi)含子位于堿基26 - 141之間。要指定這樣的數(shù)值范圍，請(qǐng)單擊編輯→選擇范圍...，鍵入范圍，然后單擊選擇。

　　刪除所選功能段

　　要將所選區(qū)域注釋為內(nèi)含子，請(qǐng)單擊“ 特征”→“刪除特征段...”。

　　出現(xiàn)“編輯功能”對(duì)話框時(shí)，單擊“ 確定”。

　　查看內(nèi)含子

　　現(xiàn)在，虛線將標(biāo)記內(nèi)含子。翻譯將調(diào)整以跨越內(nèi)含子邊界。在該實(shí)施例中，纈氨酸-9的密碼子在兩個(gè)外顯子之間分開。

　　將內(nèi)含子轉(zhuǎn)換為小寫

　　要轉(zhuǎn)換內(nèi)含子的翻譯功能，小寫字母，點(diǎn)擊該功能將其選中，然后單擊功能→內(nèi)含子→轉(zhuǎn)換內(nèi)含子為小寫...。

　　顯示轉(zhuǎn)換為小寫的內(nèi)含子數(shù)。單擊確定。

　　注釋用小寫字符標(biāo)記的內(nèi)含子

　　如果要素中的內(nèi)含子標(biāo)有小寫字符，則可以使用此屬性來注釋內(nèi)含子。首先，單擊該功能以選擇它。

　　然后點(diǎn)擊功能→內(nèi)含子→標(biāo)注小寫地區(qū)內(nèi)含子......。

　　虛線現(xiàn)在將標(biāo)記內(nèi)含子。

　　添加一個(gè)解理箭頭

　　如何在要素中顯示切割箭頭？

　　指定插入點(diǎn)

　　首次創(chuàng)建要素時(shí)，可以執(zhí)行以下步驟，但課程將假定該要素已存在。

　　要指定切割箭頭位置，請(qǐng)?jiān)谛蛄幸晥D中的DNA序列內(nèi)單擊以放置插入點(diǎn)光標(biāo)。在該示例中，解理箭頭將位于兩個(gè)特征段之間的邊界處，但是解理箭頭可以放置在特征中的任何位置。

　　添加一個(gè)解理箭頭

　　要添加切割箭頭，請(qǐng)單擊“ 特征”→“添加切割箭頭...”。

　　查看更新的功能

　　單擊“ 確定”返回“序列”視圖。將顯示切割箭頭。

　　刪除一個(gè)解理箭頭

　　要?jiǎng)h除切割箭頭，請(qǐng)雙擊該功能以打開“編輯特征”對(duì)話框。然后單擊特征圖上方的藍(lán)色控制文本以列出可以移除的切割箭頭。單擊“ 確定”以刪除所選位置處的切割箭頭。

　　或者，選擇該功能，然后單擊功能→刪除切割箭......。